Ocho meses después de que Ratzinger recibiese las cartas, su número dos, el cardenal Tarcisio Bertone, actual secretario de Estado del Vaticano, ordenó a los obispos de Wisconsin comenzar un juicio canónico secreto que podía haber llevado a la expulsión de Murphy. Pero Bertone paró el proceso después de que Murphy escribiera a Ratzinger explicando que no debería ser enjuiciado pues estaba enfermo y arrepentido, cuenta el rotativo. "Solamente quiero vivir el tiempo que me queda en la dignidad del sacerdocio", suplicaba Murphy en la misiva. "Solicito su bondad en este asunto", clamaba a Ratzinger. Los archivos no contienen la respuesta del hoy Papa.
En lugar de ser castigado, Murphy fue trasladado en 1974 del Arzobispado William E. Cousins de Milwaukee a la Diócesis Superior, en el norte de este Estado, donde pasó los últimos 24 años trabajando con niños en colegios e iglesias parroquiales, y hasta en un centro de detención juvenil, detalla The New York Times. Murió en 1998.