La Santa Sede aceptó la renuncia del prelado en abril, pero no dijo nada acerca del caso hasta que, a finales de junio, la policía belga registró propiedades de la Iglesia en el marco de la investigación abierta contra la pederastia clerical a raíz de la confesión de Vangheluwe, en una actuación calificada por el Vaticano de "deplorable".
La investigación abierta ha recogido, desde abril, casi 500 casos de presuntos abusos sexuales. Muchos de los abusos denunciados se habrían producido a lo largo de las tres décadas de mandato del cardenal Danneels transcurridas entre 1979 y finales de 2009. Ya en 1998 se sentó en el banquillo durante el juicio a un cura pederasta en calidad de superior del sacerdote. Daneels fue entonces considerado civilmente responsable, pero fue absuelto en apelación.